第一部分 基础篇
第1章 ImageJ概述
1.1 ImageJ简介
1.1.1功能简介
1.1.2应用前景
1.2 ImageJ安装与删除
1.2.1安装ImageJ
1.2.2删除ImageJ
1.3发布与更新
1.4帮助信息
1.4.1软件手册
1.4.2邮件列表和论坛
第2章 图像基本概念
2.1图像类型
2.1.1两种数字化图像形式
2.1.2两种图像压缩方式
2.2图像格式
2.2.1 ImageJ支持的格式
2.2.2使用插件支持的格式
2.2.3其他常用文件格式
2.3图像栈、虚栈和超栈
2.3.1图像栈
2.3.2虚栈
2.3.3超栈
2.4彩色图像
2.4.1真彩色图像
2.4.2伪彩色图像
2.4.3色彩模式
2.5图像信息与属性
2.5.1图像信息
2.5.2图像属性
第3章 图像处理基础
3.1图像增强与复原
3.1.1基本灰度增强
3.1.2直方图均衡
3.1.3空间滤波基础
3.1.4频域变换基础
3.1.5空间域图像去噪
3.1.6频率域滤波
3.2形态学图像处理
3.2.1膨胀和腐蚀
3.2.2开操作和闭操作
3.2.3基本形态学算法
3.3图像分割
3.3.1基础知识
3.3.2阈值分割
3.3.3区域分割
3.4分水岭图像分割
3.4.1基本算法
3.4.2改进算法
第二部分 应用篇
第4章 界面介绍
4.1 ImageJ工作环境
4.1.1标题栏
4.1.2菜单栏
4.1.3工具栏
4.1.4状态栏
4.1.5进度条
4.2弹出菜单
4.3结果表
4.4 ImageJ编辑器
4.5窗口显示
4.6用户设置
4.6.1基本设置
4.6.2高级设置
4.6.3其他
4.7首选项
第5章 文件操作
5.1新建
5.1.1新建图像
5.1.2图像栈
5.1.3超栈
5.1.4文本窗口
5.2打开与关闭
5.2.1打开文件
5.2.2打开样本
5.2.3打开最近文档
5.2.4 5.24重命名
5.2.5还原
5.2.6关闭所有
5.3导入
5.3.1图像序列
5.3.2原始图像
5.3.3查找表
5.3.4文本图像
5.3.5文本文件
5.3.6网页地址(URL)
5.3.7结果
5.3.8 AVI
5.3.9列表里的栈
5.3.10 TIFF虚拟栈
5.4保存和另存为
5.4.1常用图像格式
5.4.2原始数据格式
5.4.3文本图像保存
5.4.4图像序列格式
5.4.5查找表格式
5.4.6 XY坐标
5.4.7选取区域保存
5.4.8另存为结果
5.5页面设置和打印
5.5.1页面设置
5.5.2打印
5.6退出
第6章 区域选取与编辑
6.1区域选取
6.1.1矩形选取
6.1.2圆角矩形选取
6.1.3卵形选取
6.1.4椭圆选取
6.1.5刷子选取
6.1.6多边形选取
6.1.7自动选取
6.1.8魔法棒
6.2区域的编辑
6.2.1区域选取
6.2.2移动区域
6.2.3对区域进行缩放
6.2.4对区域进行变形
6.2.5区域填充
6.3选取区域操作
6.3.1拟合
6.3.2凸壳
6.3.3反选
6.3.4创建掩膜
6.3.5旋转
6.3.6创建条带
6.3.7其他选取命令
6.4其他工具
6.4.1点工具
6.4.2多点工具
6.4.3线选取
6.4.4角度
6.4.5文本
6.4.6放大镜
6.4.7滚动工具
6.4.8颜色拾取器
第7章 编辑图像
7.1基本命令
7.1.1剪切
7.1.2复制和复制到系统
7.1.3粘贴和粘贴控制
7.1.4撤销和恢复
7.1.5清除图像
7.1.6绘制
7.1.7取反
7.2颜色通道
7.2.1通道工具
7.2.2分裂通道
7.2.3合并通道
7.2.4图像栈转为RGB彩色图像
7.2.5构建复合图像
7.3图像颜色类型转换
7.3.1颜色拾取器
7.3.2颜色类型转换
7.3.3显示查找表
7.3.4编辑查找表
第三部分 提高篇
第8章 修改图像
8.1基本修改
8.1.1裁剪和复制
8.1.2缩放
8.1.3变换
8.2高级调整
8.2.1亮度和对比度调整
8.2.2窗口与灰度级调整
8.2.3色彩平衡
8.2.4阈值处理
8.2.5调整图像和画布尺寸
8.3覆盖和查找表
8.3.1覆盖
8.3.2查找表
第9章 图像栈及其操作
9.1图像栈基本操作
9.1.1切片的操作
9.1.2图像与图像栈
9.1.3制作Montage图
9.1.4正交视图
9.1.5投影
9.1.6其他栈操作
9.2工具集
9.2.1简单图像栈操作
9.2.2 Montage图像到图像栈
9.2.3创建子图像栈
9.2.4归并Z投影
9.2.5动画选项
9.3超栈
9.3.1新建超栈
9.3.2图像栈与超栈
9.3.3降维操作
9.3.4通道操作
第四部分 精通篇
第10章 空域图像处理
10.1平滑
10.2锐化处理
10.3获取边缘和最大值
10.3.1获取边缘
10.3.2获取最大值
10.4对比度增强
10.5噪声处理
10.6阴影处理
10.7二值化处理
10.7.1二值化图像的生成
10.7.2形态学处理
10.8算术运算
第11章 频域图像处理
11.1频域变换
11.2使用滤波器
11.3其他处理方法
11.3.1批处理
11.3.2图像计算器
11.3.3减背景
11.3.4重复命令
第12章 图像分析
12.1测量与分析
12.1.1测量
12.1.2分析粒子
12.2汇总与分布
12.2.1汇总
12.2.2分布
12.3设置测度和尺度
12.3.1设置测度
12.3.2设置尺度
12.4绘制剖面图和表面
12.4.1绘制剖面图
12.4.2绘制表面
12.5图胶
12.6工具集
12.6.1保存XY坐标
12.6.2分形盒子计数
12.6.3曲线拟合
12.6.4 ROI管理器
12.6.5尺寸条
12.6.6校正条
12.6.7分析线状图
12.7其他功能
12.7.1加标签
12.7.2校正
12.7.3直方图
第五部分 扩展篇
第13章 ImageJ扩展
13.1宏
13.1.1什么是宏
13.1.2打开宏文件
13.1.3运行宏
13.1.4安装宏
13.1.5新建宏
13.1.6宏记录器
13.1.7调试宏
13.2宏函数
13.2.1宏语言
13.2.2宏函数
13.3插件
13.3.1概述
13.3.2创建插件
13.3.3调用插件
13.4脚本
13.4.1脚本
13.4.2脚本创建及运行
13.4.3打开脚本
13.4.4优缺点
第14章 应用实例
14.1实例一 图像灰度分析
14.1.1打开图像
14.1.2灰度直方图
14.2实例二 图像分割
14.2.1阈值分割
14.2.2边缘提取
14.3实例三 三维可视化
14.3.1导入序列图
14.3.2构建3D模型
14.3.3三维切割
14.4实例四 目标计数
14.4.1导入图像
14.4.2阈值设置
14.4.3细胞计数
14.5实例五 区域物理面积计算
14.5.1预处理
14.5.2设定比例尺
14.5.3测量线长度
14.5.4测量区域面积
14.6实例六 三维体积计算
14.6.1导入序列
14.6.2阈值处理
14.6.3面积计算
14.6.4累加法计算体积
附录 快捷键与转意键
参考文献