内容简介
本书是一本针对生物信息学与系统发育学研究的实用指南，专注于使用R语言进行系统发育树的数据集成操作与可视化。作者余光创基于多年教学与实战经验，系统讲解了从原始数据整理、多源数据集成、树文件处理到高级可视化输出的完整流程。
全书以R生态中的核心包（如ape、phytools、ggtree等）为主线，结合大量实际案例，详细介绍了如何读取、合并、注释和转换不同格式的系统发育树数据，以及如何利用ggplot2等图形系统构建出版级的高清彩图。内容涵盖树的基本操作、拓扑结构比较、分支长度与性状数据整合、树图与热图、地理分布图的叠加，以及交互式可视化技术。
本书适合生物信息学、进化生物学、生态学及医学等领域的研究人员与研究生阅读，也适合希望增强R数据分析与图形展示能力的开发者参考。书中的代码与数据集均可在配套网站下载，便于读者实践与复现。通过全彩印刷与清晰步骤分解，帮助读者快速掌握系统发育树分析的现代工作流程。
目录
内容简介
关于作者
推荐序
第1篇 树数据的输入/输出及操作
第1章 导入带有数据的树文件
第2章 操作含有关联数据的树
第3章 导出含有数据的树
第2篇 树数据的可视化及注释
第4章 系统发育树可视化
第5章 系统发育树注释
第6章 系统发育树的可视化探索
第7章 绘制含有数据的树
第8章 使用轮廓图和子图注释进化树
第3篇 ggtree拓展包
第9章 对其他树形对象使用ggtree包
第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据
第11章 其他ggtree扩展包
第4篇 杂项
第12章 ggtree包中的实用工具
第13章 可重复示例图库
关于作者
推荐序
第1篇 树数据的输入/输出及操作
第1章 导入带有数据的树文件
第2章 操作含有关联数据的树
第3章 导出含有数据的树
第2篇 树数据的可视化及注释
第4章 系统发育树可视化
第5章 系统发育树注释
第6章 系统发育树的可视化探索
第7章 绘制含有数据的树
第8章 使用轮廓图和子图注释进化树
第3篇 ggtree拓展包
第9章 对其他树形对象使用ggtree包
第10章 使用ggtreeExtra包在环形布局上呈现数据
第11章 其他ggtree扩展包
第4篇 杂项
第12章 ggtree包中的实用工具
第13章 可重复示例图库
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